鐘書閣最開始一炮而紅是因為獲譽“上海最美書店”，在設計上，杭州分店依舊延續了鐘書閣自有的特征，大門處印滿各國文字的玻璃幕墻即是一大標志。整個書店被切割成四個部分：森林閱讀區、鏡面閱讀長廊、環幕閱讀大廳和兒童館，每個部分都自有特點。森林閱讀區以“森林”為設計理念，搭建了一根根白色圓形柱子，樹柱上擺滿了圖書；閱讀長廊以“三潭印月”為設計靈感，在天花板上鋪上鏡子，懸掛暖黃色燈罩，長廊兩側為圖書區；環幕閱讀大廳也是最受喜愛的一個部分，大廳呈圓弧形，層層階梯落錯有致，書架上設有燈帶，方便讀者找書；兒童館有200平米，采用游樂場的主題風格，將旋轉木馬、過山車、海盜船做成了固定書架。
書店藏書豐富，涵蓋了多種圖書類別，其中以文學類、社科類占據多數。不同的圖書所放置的區域也不同，如暢銷書與新進書放在入門處的森林閱讀區，鏡面閱讀長廊則是以文學著作為主，而環幕閱讀大廳所設的圖書主要為經濟類、哲學類。書店雖然沒有特別清晰的分類標準，但對于讀者來說找書并未有太大困難。
書店文創產品豐富，出售筆記本、明信片、書簽等物品。文創區的左側有一個名為“盲選好書”的區域，這里的書籍用木色紙張包好，配上一張卡片，卡片上寫著對應書籍的語錄，讀者可以根據卡片內容挑選自己感興趣的書。不管是挑選過程還是書籍本身都帶有神秘感。
杭州鐘書閣是全國第三家鐘書閣，一經開業便備受矚目，人氣極高，每天都有絡繹不絕的讀者到店。不過，鐘書閣自身也存在著一些不可忽視的問題，比如人群喧鬧嘈雜、沒有圖書檢索系統等等。即使有著“中國最美書店”的標簽，但這些問題的存在仍然降低了真正讀者的閱讀體驗感，為鐘書閣烙上了不太美好的印象。
